Completed
Push — master ( c31a95...c25839 )
by
unknown
01:01
created

_get_altids()   A

Complexity

Conditions 3

Size

Total Lines 8

Duplication

Lines 0
Ratio 0 %

Importance

Changes 1
Bugs 0 Features 0
Metric Value
cc 3
c 1
b 0
f 0
dl 0
loc 8
rs 10
1
#!/usr/bin/env python
2
"""Ensure that alternate GO IDs are in the go-basic.obo DAG go2obj dictionary."""
3
4
from goatools.base import get_godag
5
from goatools.gosubdag.gosubdag import GoSubDag
6
from goatools.grouper.grprdflts import GrouperDflts
7
from goatools.grouper.hdrgos import HdrgosSections
8
from goatools.grouper.grprobj import Grouper
9
10
def test_alt_id():
11
    """Ensure that alternate GO IDs."""
12
    obo_dag = get_godag("go-basic.obo")
13
    # Create/Initialize GoSubDag
14
    goids = _get_data0()
15
    gosubdag = GoSubDag(obo_dag.keys(), obo_dag)
16
    grprdflt = GrouperDflts(gosubdag)
17
    # Create/Initialize Grouper
18
    hdrobj = HdrgosSections(grprdflt.gosubdag, grprdflt.hdrgos_dflt, sections=None, hdrgos=None)
19
    Grouper("test_altid_gosubdag", goids, hdrobj, grprdflt.gosubdag, go2nt=None)
20
    alt_ids = _get_altids(obo_dag)
21
    obo_goids = obo_dag.keys()
22
    obo_goids_set = set(obo_goids)
23
    assert len(alt_ids.intersection(obo_goids_set)) == len(alt_ids)
24
25
def _get_altids(obo_dag):
26
    """Get all alternate GO ids."""
27
    alt_ids_all = set()
28
    for goobj in obo_dag.values():
29
        alt_ids_cur = goobj.alt_ids
30
        if alt_ids_cur:
31
            alt_ids_all |= set(alt_ids_cur)
32
    return alt_ids_all
33
34
def _get_data0():
35
    """Nature GO ids. 196 unique GO IDs. 228 printed."""
36
    return [
37
        "GO:0007049", "GO:0022402", "GO:0022403", "GO:0000279", "GO:0006259",
38
        "GO:0000278", "GO:0051301", "GO:0000087", "GO:0007067", "GO:0000280",
39
        "GO:0048285", "GO:0006996", "GO:0006260", "GO:0006974", "GO:0033554",
40
        "GO:0006281", "GO:0016043", "GO:0051716", "GO:0009987", "GO:0006323",
41
        "GO:0051276", "GO:0007059", "GO:0006139", "GO:0065004", "GO:0051726",
42
        "GO:0007017", "GO:0031497", "GO:0034728", "GO:0006950", "GO:0034641",
43
        "GO:0006334", "GO:0006333", "GO:0034621", "GO:0006807", "GO:0006261",
44
        "GO:0007126", "GO:0051327", "GO:0051321", "GO:0034622", "GO:0044260",
45
        "GO:0043933", "GO:0000226", "GO:0042770", "GO:0000075", "GO:0006270",
46
        "GO:0065003", "GO:0006310", "GO:0010564", "GO:0022607", "GO:0006325",
47
        "GO:0043170", "GO:0008629", "GO:0007346", "GO:0044085", "GO:0008630",
48
        "GO:0051052", "GO:0050896", "GO:0031570", "GO:0051053", "GO:0007018",
49
        "GO:0007051", "GO:0007093", "GO:0006275", "GO:0009411", "GO:0034645",
50
        "GO:0000910", "GO:0009059", "GO:0044237", "GO:0010212", "GO:0000077",
51
        "GO:0030261", "GO:0009615", "GO:0002376", "GO:0006955", "GO:0006952",
52
        "GO:0002682", "GO:0050896", "GO:0048518", "GO:0048002", "GO:0050776",
53
        "GO:0009605", "GO:0048583", "GO:0050778", "GO:0051707", "GO:0048584",
54
        "GO:0019882", "GO:0009607", "GO:0019884", "GO:0002684", "GO:0048522",
55
        "GO:0009611", "GO:0051704", "GO:0002252", "GO:0001819", "GO:0006954",
56
        "GO:0002478", "GO:0002474", "GO:0030029", "GO:0006950", "GO:0030036",
57
        "GO:0007155", "GO:0022610", "GO:0048856", "GO:0050793", "GO:0048731",
58
        "GO:0048518", "GO:0006629", "GO:0007275", "GO:0032502", "GO:0051239",
59
        "GO:0048513", "GO:0048522", "GO:0044255", "GO:0048869", "GO:0009611",
60
        "GO:0031589", "GO:0009605", "GO:0010646", "GO:0002376", "GO:0043436",
61
        "GO:0019752", "GO:0006082", "GO:0032787", "GO:0042127", "GO:0009987",
62
        "GO:0030154", "GO:0042180", "GO:0001944", "GO:0065008", "GO:0006631",
63
        "GO:0009966", "GO:0048583", "GO:0002682", "GO:0001568", "GO:0009653",
64
        "GO:0007399", "GO:0007160", "GO:0045321", "GO:0001775", "GO:0080134",
65
        "GO:0051093", "GO:0048519", "GO:0030155", "GO:0007167", "GO:0042221",
66
        "GO:0045595", "GO:0048514", "GO:0042060", "GO:0030029", "GO:0048523",
67
        "GO:0002684", "GO:0051234", "GO:0006810", "GO:0051179", "GO:0007268",
68
        "GO:0019226", "GO:0051649", "GO:0051641", "GO:0009987", "GO:0007267",
69
        "GO:0006811", "GO:0007154", "GO:0007611", "GO:0015672", "GO:0006812",
70
        "GO:0006813", "GO:0046907", "GO:0006793", "GO:0006796", "GO:0030001",
71
        "GO:0006091", "GO:0007612", "GO:0015031", "GO:0043632", "GO:0019941",
72
        "GO:0045184", "GO:0045333", "GO:0031175", "GO:0048812", "GO:0044057",
73
        "GO:0048858", "GO:0007399", "GO:0007409", "GO:0030030", "GO:0010646",
74
        "GO:0032990", "GO:0006816", "GO:0048666", "GO:0051179", "GO:0048667",
75
        "GO:0048699", "GO:0030001", "GO:0006811", "GO:0022008", "GO:0050804",
76
        "GO:0009987", "GO:0006812", "GO:0000904", "GO:0031644", "GO:0006796",
77
        "GO:0006793", "GO:0051969", "GO:0030182", "GO:0016310", "GO:0015674",
78
        "GO:0007242", "GO:0006468", "GO:0006810", "GO:0051234", "GO:0007268",
79
        "GO:0000902", "GO:0019226", "GO:0051056", "GO:0043687", "GO:0032989",
80
        "GO:0006464", "GO:0016192", "GO:0016043", "GO:0007411", "GO:0043412",
81
        "GO:0007610", "GO:0007267", "GO:0009966", "GO:0048468", "GO:0007154",
82
        "GO:0048731", "GO:0006928", "GO:0015672"]
83
84
if __name__ == '__main__':
85
    test_alt_id()
86