These results are based on our legacy PHP analysis, consider migrating to our new PHP analysis engine instead. Learn more
1 | <?php |
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2 | ini_set('memory_limit', '32M'); |
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3 | ||||||||||||
4 | require_once dirname(dirname(__DIR__)) . '/mainfile.php'; |
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5 | $moduleDirName = basename(__DIR__); |
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6 | xoops_loadLanguage('main', $moduleDirName); |
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7 | require_once(XOOPS_ROOT_PATH . '/modules/' . $moduleDirName . '/include/common.php'); |
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8 | ||||||||||||
9 | $xoopsOption['template_main'] = 'pedigree_coi.tpl'; |
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10 | include XOOPS_ROOT_PATH . '/header.php'; |
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11 | ||||||||||||
12 | //get module configuration |
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13 | $moduleHandler = xoops_getHandler('module'); |
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14 | $module = $moduleHandler->getByDirname('pedigree'); |
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15 | $configHandler = xoops_getHandler('config'); |
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16 | $moduleConfig = $configHandler->getConfigsByCat(0, $module->getVar('mid')); |
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17 | ||||||||||||
18 | global $xoopsTpl, $xoopsDB, $moduleConfig; |
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19 | ||||||||||||
20 | //start kinship.php code -- help !! |
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21 | /* ************************************************************************************* */ |
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22 | /* |
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23 | This program calculates the coefficient of inbreeding (IC, or COI, or F) |
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24 | for the offspring of a couple of animals, given by their IDs (s=sire_ID&d=dam_ID), |
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25 | or for a given animal given by its ID (a=animal_ID). |
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26 | ||||||||||||
27 | By default, all known ascendants are used. |
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28 | However, maximum count of distinct ascendants is limited to $nb_maxi (default=600) |
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29 | [higher values for $nb_maxi could lead to calculations ending in timeout], |
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30 | or depth of tree can be limited to $nb_gen generations (default = 8). |
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31 | */ |
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32 | /* ************************************************************************************* */ |
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33 | ||||||||||||
34 | if (!isset($verbose)) { |
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35 | $verbose = 0; |
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36 | } // don't display different steps of ICs calculation |
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37 | if (!isset($detail)) { |
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38 | $detail = 1; |
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39 | } // don't display detail results [faster] |
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40 | if (!isset($nb_maxi)) { |
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41 | $nb_maxi = 600; |
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42 | } // maximum count of distinct ascendants |
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43 | if (!isset($nb_gen)) { |
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44 | $nb_gen = 8; |
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45 | } // maximum count of generations of ascendants |
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46 | if (!isset($pedigree)) { |
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47 | $pedigree = 0; |
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48 | } // dont't display sketch pedigree [faster] |
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49 | if (!isset($max_dist)) { // maximum length of implex loops |
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50 | if ($nb_gen > 9) { |
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51 | $max_dist = 14; |
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52 | } else { |
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53 | if ($nb_gen == 9) { |
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54 | $max_dist = 17; |
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55 | } else { |
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56 | if ($nb_gen == 8) { |
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57 | $max_dist = 18; |
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58 | } else { |
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59 | $max_dist = 99; |
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60 | } |
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61 | } |
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62 | } |
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63 | } |
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64 | ||||||||||||
65 | $empty = array(); // an empty array |
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66 | $sql1 = 'select ID, father, mother, roft from ' . $GLOBALS['xoopsDB']->prefix('pedigree_tree') . ' where ID '; |
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67 | ||||||||||||
68 | // input data arrays: |
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69 | $IDs = $empty; |
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70 | $fathers = $empty; |
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71 | $mothers = $empty; |
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72 | ||||||||||||
73 | // working arrays: |
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74 | $inds = $empty; |
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75 | $marked = $empty; |
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76 | $ICknown = $empty; |
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77 | $deltaf = $empty; |
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78 | $pater = $empty; |
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79 | $mater = $empty; |
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80 | $chrono = $empty; |
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81 | ||||||||||||
82 | // Coefficients of Inbreeding array (result): |
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83 | $COIs = $empty; |
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84 | ||||||||||||
85 | /* ****************************** FUNCTIONS ********************************* */ |
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86 | ||||||||||||
87 | /** |
|||||||||||
88 | * @return int |
|||||||||||
89 | */ |
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90 | function chrono_sort() |
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91 | { |
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92 | global $IDs, $inds, $fathers, $mothers, $chrono, $nl, $detail; |
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93 | $impr = 0; |
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94 | $modif = 1; |
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95 | $nloop = 0; |
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96 | $nba = count($IDs); |
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97 | // print_r ($IDs) ; |
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98 | // echo "<b>231 : $IDs[231] $fathers[231] $mothers[231] $chrono[231] $inds[231] </b><br />\n" ; |
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99 | foreach ($IDs as $i => $v) { |
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100 | $chrono[$i] = 1; |
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101 | } // initialize all chronological ranks to 1 |
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102 | $chrono[0] = 0; // except animal #0 (at 0 rank). |
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103 | while ($modif && $nloop < 40) { |
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104 | $modif = 0; |
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105 | ++$nloop; |
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106 | for ($i = 1; $i < $nba; ++$i) { |
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107 | $s = $fathers[$i]; |
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108 | if ($s) { |
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109 | $s = $inds[$s]; |
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110 | } |
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111 | $d = $mothers[$i]; |
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112 | if ($d) { |
|||||||||||
113 | $d = $inds[$d]; |
|||||||||||
114 | } |
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115 | View Code Duplication | if ($s && $chrono[$s] <= $chrono[$i]) { |
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116 | $chrono[$s] = $chrono[$i] + 1; |
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117 | $modif = 1; |
|||||||||||
118 | } |
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119 | View Code Duplication | if ($d && $chrono[$d] <= $chrono[$i]) { |
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120 | $chrono[$d] = $chrono[$i] + 1; |
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121 | $modif = 1; |
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122 | } |
|||||||||||
123 | } |
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124 | } |
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125 | if ($nloop == 40) { |
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126 | die('Endless loop detected. Stopped.'); |
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127 | } |
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128 | array_multisort($chrono, $IDs, $fathers, $mothers); |
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129 | $depth = $chrono[$nba - 1]; |
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130 | //commentes out by JC |
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131 | //if ($detail) echo "<br />Chronological ranking done : Pedigree stretched over <b>$depth</b> generations.<br />$nl" ; |
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132 | if ($impr) { |
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133 | echo "</center><pre>$nl $nl"; |
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134 | foreach ($chrono as $i => $val) { |
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135 | echo "<b>$i</b> : $val $IDs[$i] $fathers[$i] $mothers[$i] $nl"; |
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136 | } |
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137 | echo "</pre>$nl"; |
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138 | die('</html>'); |
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139 | } |
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140 | $inds = array_flip($IDs); |
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141 | ||||||||||||
142 | return 0; |
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143 | } |
|||||||||||
144 | ||||||||||||
145 | /** |
|||||||||||
146 | * @param $s |
|||||||||||
147 | * |
|||||||||||
148 | * @return array |
|||||||||||
149 | */ |
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150 | function fetch_record($s) |
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151 | { |
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152 | global $database; |
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153 | $r = mysqli_db_query($database, $s); |
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154 | $n = 0; |
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155 | if ($r) { |
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156 | $n = mysqli_num_rows($r); |
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157 | } |
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158 | if ($n == 0) { |
|||||||||||
159 | $record = array('0'); |
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160 | } else { |
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161 | $record = $GLOBALS['xoopsDB']->fetchBoth($r); |
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162 | } |
|||||||||||
163 | ||||||||||||
164 | return $record; |
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165 | } |
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166 | ||||||||||||
167 | /** |
|||||||||||
168 | * @param $ind |
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169 | * @param $gen |
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170 | * |
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171 | * @return int |
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172 | */ |
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173 | function count_all($ind, $gen) |
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174 | { |
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175 | global $inds, $nb_gen, $nb_all, $fathers, $mothers; |
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176 | if ($ind) { |
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177 | ++$nb_all; |
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178 | } |
|||||||||||
179 | $s = $fathers[$ind]; |
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180 | $d = $mothers[$ind]; |
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181 | if ($s && $gen < $nb_gen) { |
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182 | count_all($s, $gen + 1); |
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183 | } |
|||||||||||
184 | if ($d && $gen < $nb_gen) { |
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185 | count_all($d, $gen + 1); |
|||||||||||
186 | } |
|||||||||||
187 | ||||||||||||
188 | return 0; |
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189 | } |
|||||||||||
190 | ||||||||||||
191 | /** |
|||||||||||
192 | * @param $ch |
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193 | * @param $niv |
|||||||||||
194 | * |
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195 | * @return int |
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196 | */ |
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197 | function add_multi($ch, $niv) |
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198 | { |
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199 | global $implx, $couls, $nl; |
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200 | reset($implx); |
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201 | $first = 1; |
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202 | foreach ($implx as $im => $impl) { |
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203 | if ($impl[0] == $ch or $impl[1] == $ch) { |
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0 ignored issues
–
show
|
||||||||||||
204 | if ($niv > 1 && $first) { |
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205 | echo "<br />$nl"; |
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206 | } else { |
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207 | echo ' '; |
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208 | } |
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209 | $i = $im + 1; |
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210 | $j = min($im, 6); |
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211 | $c = $couls[$j]; |
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212 | $first = 0; |
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213 | echo '<font color=' . $c . ' size="+2"><b>*' . $i . '*</b></font>'; |
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214 | } |
|||||||||||
215 | } |
|||||||||||
216 | ||||||||||||
217 | return 0; |
|||||||||||
218 | } |
|||||||||||
219 | ||||||||||||
220 | /** |
|||||||||||
221 | * @param $ind |
|||||||||||
222 | * @param $gen |
|||||||||||
223 | * @param $class |
|||||||||||
224 | * |
|||||||||||
225 | * @return int |
|||||||||||
226 | */ |
|||||||||||
227 | function output_animal($ind, $gen, $class) |
|||||||||||
228 | { |
|||||||||||
229 | global $depth, $IDs, $fathers, $mothers, $nl; |
|||||||||||
230 | if ($gen > $depth) { |
|||||||||||
231 | return 0; |
|||||||||||
232 | } |
|||||||||||
233 | $cell_content = 'Ø'; |
|||||||||||
234 | if ($ind or $gen == 0) { |
|||||||||||
0 ignored issues
–
show
Comprehensibility
Best Practice
introduced
by
Using logical operators such as
or instead of || is generally not recommended.
PHP has two types of connecting operators (logical operators, and boolean operators):
The difference between these is the order in which they are executed. In most cases,
you would want to use a boolean operator like Let’s take a look at a few examples: // Logical operators have lower precedence:
$f = false or true;
// is executed like this:
($f = false) or true;
// Boolean operators have higher precedence:
$f = false || true;
// is executed like this:
$f = (false || true);
Logical Operators are used for Control-FlowOne case where you explicitly want to use logical operators is for control-flow such as this: $x === 5
or die('$x must be 5.');
// Instead of
if ($x !== 5) {
die('$x must be 5.');
}
Since // The following is currently a parse error.
$x === 5
or throw new RuntimeException('$x must be 5.');
These limitations lead to logical operators rarely being of use in current PHP code.
Loading history...
|
||||||||||||
235 | $ID = $IDs[$ind]; |
|||||||||||
236 | $ani = set_name($ID); |
|||||||||||
237 | $name = $ani[1]; |
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238 | $name = $ID; |
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239 | $cell_content = showParent($name) . $nl; |
|||||||||||
240 | } |
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241 | $rowspan = 1 << ($depth - $gen); |
|||||||||||
242 | echo '<td rowspan=' . $rowspan . ' align="center" class="' . $class . '">' . $cell_content . "</td>$nl"; |
|||||||||||
243 | if ($gen < $depth) { |
|||||||||||
244 | $sire = 0; |
|||||||||||
245 | if ($ind or $gen == 0) { |
|||||||||||
0 ignored issues
–
show
Comprehensibility
Best Practice
introduced
by
Using logical operators such as
or instead of || is generally not recommended.
PHP has two types of connecting operators (logical operators, and boolean operators):
The difference between these is the order in which they are executed. In most cases,
you would want to use a boolean operator like Let’s take a look at a few examples: // Logical operators have lower precedence:
$f = false or true;
// is executed like this:
($f = false) or true;
// Boolean operators have higher precedence:
$f = false || true;
// is executed like this:
$f = (false || true);
Logical Operators are used for Control-FlowOne case where you explicitly want to use logical operators is for control-flow such as this: $x === 5
or die('$x must be 5.');
// Instead of
if ($x !== 5) {
die('$x must be 5.');
}
Since // The following is currently a parse error.
$x === 5
or throw new RuntimeException('$x must be 5.');
These limitations lead to logical operators rarely being of use in current PHP code.
Loading history...
|
||||||||||||
246 | $sire = $fathers[$ind]; |
|||||||||||
247 | } |
|||||||||||
248 | output_animal($sire, $gen + 1, '0'); |
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249 | $dam = 0; |
|||||||||||
250 | if ($ind or $gen == 0) { |
|||||||||||
0 ignored issues
–
show
Comprehensibility
Best Practice
introduced
by
Using logical operators such as
or instead of || is generally not recommended.
PHP has two types of connecting operators (logical operators, and boolean operators):
The difference between these is the order in which they are executed. In most cases,
you would want to use a boolean operator like Let’s take a look at a few examples: // Logical operators have lower precedence:
$f = false or true;
// is executed like this:
($f = false) or true;
// Boolean operators have higher precedence:
$f = false || true;
// is executed like this:
$f = (false || true);
Logical Operators are used for Control-FlowOne case where you explicitly want to use logical operators is for control-flow such as this: $x === 5
or die('$x must be 5.');
// Instead of
if ($x !== 5) {
die('$x must be 5.');
}
Since // The following is currently a parse error.
$x === 5
or throw new RuntimeException('$x must be 5.');
These limitations lead to logical operators rarely being of use in current PHP code.
Loading history...
|
||||||||||||
251 | $dam = $mothers[$ind]; |
|||||||||||
252 | } |
|||||||||||
253 | output_animal($dam, $gen + 1, '1'); |
|||||||||||
254 | } else { |
|||||||||||
255 | echo "</tr><tr>$nl"; |
|||||||||||
256 | } |
|||||||||||
257 | ||||||||||||
258 | return 0; |
|||||||||||
259 | } |
|||||||||||
260 | ||||||||||||
261 | /** |
|||||||||||
262 | * @return int |
|||||||||||
263 | */ |
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264 | function SKETCH_PEDIGREE() |
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265 | { |
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266 | global $nl, $detail, $depth, $IDs; |
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267 | // print_r ($IDs) ; |
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268 | echo $nl . '<br />' . $nl . '<table border="3" cellpadding="4" width="85%"" cellpadding="0" cellspacing="0">' . $nl . '<tr><th colspan="10" align="center">SKETCH PEDIGREE OF COMMON PROGENY</th></tr>' . $nl . '<tr align="center" valign="middle"><th>Progeny</th><th>' . _('Sire / Dam') . '</th>'; |
|||||||||||
269 | if ($depth >= 2) { |
|||||||||||
270 | echo '<th>' . _('Grandparents') . '</th>' . $nl; |
|||||||||||
271 | } |
|||||||||||
272 | if ($depth >= 3) { |
|||||||||||
273 | echo '<th>' . _('Great-Grandparents') . '</th>' . $nl; |
|||||||||||
274 | } |
|||||||||||
275 | if ($depth >= 4) { |
|||||||||||
276 | echo '<th>3xGr. P.</th>' . $nl; |
|||||||||||
277 | } |
|||||||||||
278 | if ($depth >= 5) { |
|||||||||||
279 | echo '<th>4xGr. P.</th>' . $nl; |
|||||||||||
280 | } |
|||||||||||
281 | if ($depth >= 6) { |
|||||||||||
282 | echo '<th>5xGr. P.</th>' . $nl; |
|||||||||||
283 | } |
|||||||||||
284 | if ($depth >= 7) { |
|||||||||||
285 | echo '<th>6xGr. P.</th>' . $nl; |
|||||||||||
286 | } |
|||||||||||
287 | echo '</tr><tr>'; |
|||||||||||
288 | output_animal(0, 0, '0'); /* output the sketch pedigree */ |
|||||||||||
289 | echo $nl . '</tr></table>' . $nl . '<p />' . $nl; |
|||||||||||
290 | ||||||||||||
291 | return 0; |
|||||||||||
292 | } |
|||||||||||
293 | ||||||||||||
294 | /** |
|||||||||||
295 | * @return int |
|||||||||||
296 | */ |
|||||||||||
297 | function GENEALOGY() |
|||||||||||
298 | { |
|||||||||||
299 | global $IDs, $fathers, $mothers, $inds, $nb_gen, $nb_maxi, $nbani, $nl, $sql1; |
|||||||||||
300 | $impr = 0; |
|||||||||||
301 | $fathers[0] = $IDs[1]; |
|||||||||||
302 | $mothers[0] = $IDs[2]; |
|||||||||||
303 | $fathers[1] = 0; |
|||||||||||
304 | $mothers[1] = 0; |
|||||||||||
305 | $fathers[2] = 0; |
|||||||||||
306 | $mothers[2] = 0; |
|||||||||||
307 | $last = 2; |
|||||||||||
308 | if ($impr) { |
|||||||||||
309 | echo "<!-- genealogy 'de cujus' (gener. 0) : $IDs[0] = $IDs[1] x $IDs[2] -->$nl"; |
|||||||||||
310 | } |
|||||||||||
311 | $generation = array($IDs[1], $IDs[2]); // starting with first generation (sire and dam) |
|||||||||||
312 | $nbtot = 0; // count of total known ascendants within $nb_gen generations |
|||||||||||
313 | for ($nloop = 1, $tot = 2; $last <= $nb_maxi && $nloop <= $nb_gen; ++$nloop) { |
|||||||||||
314 | $nbtot += $tot; // count of total known ascendants within $nb_gen generations |
|||||||||||
315 | $nbani = $last; // count of distinct ascendants within $nb_gen generations |
|||||||||||
316 | $list = implode(',', array_unique($generation)); |
|||||||||||
317 | $generation = array(); |
|||||||||||
318 | $tot = 0; |
|||||||||||
319 | if ($impr) { |
|||||||||||
320 | echo " [$list]$nl"; |
|||||||||||
321 | } |
|||||||||||
322 | ||||||||||||
323 | // HERE IS FETCHED EACH TRIPLET [ID, sire_ID, dam_ID] : |
|||||||||||
324 | $r = $GLOBALS['xoopsDB']->query("$sql1 IN ($list)"); |
|||||||||||
325 | while (false !== ($rec = $GLOBALS['xoopsDB']->fetchBoth($r))) { |
|||||||||||
326 | $a = $rec[0] + 0; |
|||||||||||
327 | $s = $rec[1] + 0; |
|||||||||||
328 | $d = $rec[2] + 0; |
|||||||||||
329 | if (!$a) { |
|||||||||||
330 | echo "ERROR : $a = $s x $d for list = '$list'<br />\n"; |
|||||||||||
331 | } |
|||||||||||
332 | if ($s) { |
|||||||||||
333 | ++$tot; |
|||||||||||
334 | } |
|||||||||||
335 | if ($d) { |
|||||||||||
336 | ++$tot; |
|||||||||||
337 | } |
|||||||||||
338 | $j = array_keys($IDs, $a); |
|||||||||||
339 | $j = $j[0]; |
|||||||||||
340 | $fathers[$j] = $s; |
|||||||||||
341 | $mothers[$j] = $d; |
|||||||||||
342 | View Code Duplication | if ($s && !in_array($s, $IDs)) { |
||||||||||
343 | $i = ++$last; |
|||||||||||
344 | $IDs[$i] = $s; |
|||||||||||
345 | $fathers[$i] = 0; |
|||||||||||
346 | $mothers[$i] = 0; |
|||||||||||
347 | if ($s) { |
|||||||||||
348 | $generation[] = $s; |
|||||||||||
349 | } |
|||||||||||
350 | } |
|||||||||||
351 | View Code Duplication | if ($d && !in_array($d, $IDs)) { |
||||||||||
352 | $i = ++$last; |
|||||||||||
353 | $IDs[$i] = $d; |
|||||||||||
354 | $fathers[$i] = 0; |
|||||||||||
355 | $mothers[$i] = 0; |
|||||||||||
356 | if ($s) { |
|||||||||||
357 | $generation[] = $d; |
|||||||||||
358 | } |
|||||||||||
359 | } |
|||||||||||
360 | if ($impr) { |
|||||||||||
361 | echo "<pre>genealogy ascendant (gener. $nloop) : $a = $s x $d [tot = $tot]$nl</pre>"; |
|||||||||||
362 | } |
|||||||||||
363 | } |
|||||||||||
364 | if (!count($generation)) { |
|||||||||||
365 | break; |
|||||||||||
366 | } |
|||||||||||
367 | } |
|||||||||||
368 | ||||||||||||
369 | if ($nloop <= $nb_gen) { |
|||||||||||
370 | $nb_gen = $nloop; |
|||||||||||
371 | } // tree cut by $nb_maxi ! |
|||||||||||
372 | ||||||||||||
373 | reset($IDs); |
|||||||||||
374 | $inds = array_flip($IDs); |
|||||||||||
375 | ||||||||||||
376 | chrono_sort(); |
|||||||||||
377 | ||||||||||||
378 | return $nbtot; |
|||||||||||
379 | } |
|||||||||||
380 | ||||||||||||
381 | /** |
|||||||||||
382 | * @param $p |
|||||||||||
383 | * |
|||||||||||
384 | * @return int |
|||||||||||
385 | */ |
|||||||||||
386 | View Code Duplication | function dist_p($p) |
||||||||||
387 | { |
|||||||||||
388 | global $IDs, $fathers, $mothers, $pater, $nb_gen, $detail, $nl; |
|||||||||||
389 | // Anim #P is the sire |
|||||||||||
390 | $listall = array($p); |
|||||||||||
391 | $listnew = array($p); |
|||||||||||
392 | $pater = array(); |
|||||||||||
393 | $pater[$p] = 1; |
|||||||||||
394 | for ($nloop = 2; $nloop < ($nb_gen + 1); ++$nloop) { |
|||||||||||
395 | $liste = array(); |
|||||||||||
396 | foreach ($listnew as $i) { |
|||||||||||
397 | $s = $fathers[$i]; |
|||||||||||
398 | $d = $mothers[$i]; |
|||||||||||
399 | if ($s && !$pater[$s]) { |
|||||||||||
400 | $pater[$s] = $nloop; |
|||||||||||
401 | } // least distance from $s to sire's progeny |
|||||||||||
402 | if ($d && !$pater[$d]) { |
|||||||||||
403 | $pater[$d] = $nloop; |
|||||||||||
404 | } // least distance from $d to sire's progeny |
|||||||||||
405 | if ($s) { |
|||||||||||
406 | $liste[] = $s; |
|||||||||||
407 | } |
|||||||||||
408 | if ($d) { |
|||||||||||
409 | $liste[] = $d; |
|||||||||||
410 | } |
|||||||||||
411 | } |
|||||||||||
412 | if (!count($liste)) { |
|||||||||||
413 | break; |
|||||||||||
414 | } |
|||||||||||
415 | //commented pout by jc |
|||||||||||
416 | //if (in_array ($IDs[2], $liste) && !$detail) |
|||||||||||
417 | //{ echo "<p>DAM is an ascendant (at $nloop generations) of SIRE. Stopped." ; |
|||||||||||
418 | // die ("</body></html>$nl") ; } |
|||||||||||
419 | $listnew = array_diff(array_unique($liste), $listall); |
|||||||||||
420 | /* $list1 = join (' ', $listall) ; $list2 = join ('+', $listnew) ; |
|||||||||||
421 | echo "<!-- P ($nloop) $list1/$list2 -->$nl" ; */ |
|||||||||||
422 | $listall = array_merge($listall, $listnew); |
|||||||||||
423 | } |
|||||||||||
424 | // Here $pater array contains list of all distinct ascendants of #P (including P himself) |
|||||||||||
425 | // Values of $pater are minimum distances to #P (in generations) +1 |
|||||||||||
426 | return 0; |
|||||||||||
427 | } |
|||||||||||
428 | ||||||||||||
429 | /** |
|||||||||||
430 | * @param $m |
|||||||||||
431 | * |
|||||||||||
432 | * @return int |
|||||||||||
433 | */ |
|||||||||||
434 | View Code Duplication | function dist_m($m) |
||||||||||
435 | { |
|||||||||||
436 | global $IDs, $fathers, $mothers, $mater, $nb_gen, $detail, $nl; |
|||||||||||
437 | // Anim #M is the dam |
|||||||||||
438 | $listall = array($m); |
|||||||||||
439 | $listnew = array($m); |
|||||||||||
440 | $mater = array(); |
|||||||||||
441 | $mater[$m] = 1; |
|||||||||||
442 | for ($nloop = 2; $nloop <= ($nb_gen + 1); ++$nloop) { |
|||||||||||
443 | $liste = array(); |
|||||||||||
444 | foreach ($listnew as $i) { |
|||||||||||
445 | $s = $fathers[$i]; |
|||||||||||
446 | $d = $mothers[$i]; |
|||||||||||
447 | if ($s && !$mater[$s]) { |
|||||||||||
448 | $mater[$s] = $nloop; |
|||||||||||
449 | } // least distance from $s to dam's progeny |
|||||||||||
450 | if ($d && !$mater[$d]) { |
|||||||||||
451 | $mater[$d] = $nloop; |
|||||||||||
452 | } // least distance from $d to dam's progeny |
|||||||||||
453 | // echo "I=" . $i . " MATER(I)=" . $mater[$i] . " NLOOP=" . $nloop . "<br />$nl" ; |
|||||||||||
454 | if ($s) { |
|||||||||||
455 | $liste[] = $s; |
|||||||||||
456 | } |
|||||||||||
457 | if ($d) { |
|||||||||||
458 | $liste[] = $d; |
|||||||||||
459 | } |
|||||||||||
460 | } |
|||||||||||
461 | if (!count($liste)) { |
|||||||||||
462 | break; |
|||||||||||
463 | } |
|||||||||||
464 | //commented out by jc |
|||||||||||
465 | //if (in_array ($IDs[1], $liste) && !$detail) |
|||||||||||
466 | // { echo "<p>SIRE is an ascendant (at $nloop generations) of DAM. Stopped." ; |
|||||||||||
467 | // die ("</body></html>$nl") ; } |
|||||||||||
468 | $listnew = array_diff(array_unique($liste), $listall); |
|||||||||||
469 | // $list1 = join (' ', $listall) ; $list2 = join ('+', $listnew) ; echo "M ($nloop) $list1/$list2 $nl" ; |
|||||||||||
470 | $listall = array_merge($listall, $listnew); |
|||||||||||
471 | } |
|||||||||||
472 | // Here $mater array contains list of all distinct ascendants of #M (including M herself) |
|||||||||||
473 | // Values of $mater are minimum distances to #M (in generations) +1 |
|||||||||||
474 | return 0; |
|||||||||||
475 | } |
|||||||||||
476 | ||||||||||||
477 | /** |
|||||||||||
478 | * @return array |
|||||||||||
479 | */ |
|||||||||||
480 | function calc_dist() /* Common Ascendants and their distances */ |
|||||||||||
481 | { |
|||||||||||
482 | global $IDs, $fathers, $mothers, $nbanims, $pater, $mater, $empty, $nb_gen, $nl; |
|||||||||||
483 | global $dmax, $detail, $nb_gen; |
|||||||||||
484 | $distan = array(); |
|||||||||||
485 | // dist_m (2) ; has already been called |
|||||||||||
486 | dist_p($fathers[0]); |
|||||||||||
487 | $dmax = 0; |
|||||||||||
488 | $impr = 0; |
|||||||||||
489 | $dmx = 7; |
|||||||||||
490 | if ($detail) { |
|||||||||||
491 | $dmx += 2; |
|||||||||||
492 | } |
|||||||||||
493 | // ksort ($pater) ; print_r ($pater) ; echo "<br />$nl" ; ksort ($mater) ; print_r ($mater) ; echo "<br />$nl" ; |
|||||||||||
494 | foreach ($pater as $i => $p) { |
|||||||||||
495 | if ($p) { |
|||||||||||
496 | $m = $mater[$i]; |
|||||||||||
497 | if ($m) { |
|||||||||||
498 | $di = $p + $m; |
|||||||||||
499 | if ($impr) { |
|||||||||||
500 | echo " $i : $p + $m = $di <br />$nl"; |
|||||||||||
501 | } |
|||||||||||
502 | if (!$dmax) { |
|||||||||||
503 | $dmax = $dmx + $di - ceil($di / 2.); |
|||||||||||
504 | } |
|||||||||||
505 | if ($di > ($dmax + 2)) { |
|||||||||||
506 | continue; |
|||||||||||
507 | } |
|||||||||||
508 | $distan[$i] = $di; |
|||||||||||
509 | } |
|||||||||||
510 | } |
|||||||||||
511 | } |
|||||||||||
512 | if (!$dmax) { |
|||||||||||
513 | $dmax = 2 * $nb_gen - 2; |
|||||||||||
514 | } |
|||||||||||
515 | ||||||||||||
516 | return $distan; |
|||||||||||
517 | } |
|||||||||||
518 | ||||||||||||
519 | /** |
|||||||||||
520 | * @param $p |
|||||||||||
521 | * @param $m |
|||||||||||
522 | * @param $a |
|||||||||||
523 | * @param $ndist |
|||||||||||
524 | * |
|||||||||||
525 | * @return int |
|||||||||||
526 | */ |
|||||||||||
527 | function mater_side($p, $m, $a, $ndist) |
|||||||||||
528 | { |
|||||||||||
529 | global $fathers, $mothers, $marked, $COIs, $deltaf, $ICknown, $verbose, $nl, $chrono, $paternal_rank, $max_dist; |
|||||||||||
530 | if (!$m or $ndist > $max_dist) { |
|||||||||||
0 ignored issues
–
show
Comprehensibility
Best Practice
introduced
by
Using logical operators such as
or instead of || is generally not recommended.
PHP has two types of connecting operators (logical operators, and boolean operators):
The difference between these is the order in which they are executed. In most cases,
you would want to use a boolean operator like Let’s take a look at a few examples: // Logical operators have lower precedence:
$f = false or true;
// is executed like this:
($f = false) or true;
// Boolean operators have higher precedence:
$f = false || true;
// is executed like this:
$f = (false || true);
Logical Operators are used for Control-FlowOne case where you explicitly want to use logical operators is for control-flow such as this: $x === 5
or die('$x must be 5.');
// Instead of
if ($x !== 5) {
die('$x must be 5.');
}
Since // The following is currently a parse error.
$x === 5
or throw new RuntimeException('$x must be 5.');
These limitations lead to logical operators rarely being of use in current PHP code.
Loading history...
|
||||||||||||
531 | return 0; |
|||||||||||
532 | } |
|||||||||||
533 | if ($p == $m) { |
|||||||||||
534 | /* IMPLEX FOUND (node of consanguinity) { for Anim #A */ |
|||||||||||
535 | $already_known = $ICknown[$p]; |
|||||||||||
536 | } |
|||||||||||
537 | if (!$already_known) { |
|||||||||||
538 | CONSANG($p); |
|||||||||||
539 | } // MAIN RECURSION: |
|||||||||||
540 | $ICp = $COIs[$p]; // we need to know the IC of Parent for Wright's formula |
|||||||||||
541 | if ($verbose && !$already_known && $ICp > 0.001 * $verbose) { |
|||||||||||
542 | echo "IC of Animal $p is $ICp$nl"; |
|||||||||||
543 | } |
|||||||||||
544 | $incr = 1.0 / (1 << $ndist) * (1. + $ICp); // ******** applying WRIGHT's formula ******** |
|||||||||||
545 | ||||||||||||
546 | // [Note: 1 << $ndist is equal to 2 power $ndist] |
|||||||||||
547 | $COIs[$a] += $incr; // incrementing the IC of AnimC |
|||||||||||
548 | if ($a == 0) { |
|||||||||||
549 | $deltaf[$p] += $incr; |
|||||||||||
550 | } |
|||||||||||
551 | /* contribution of Anim #P to IC of Anim #0 */ |
|||||||||||
552 | // if ($verbose && $a == 0 && $incr > 0.0001*$verbose) |
|||||||||||
553 | // echo "Animal $p is contributing for " . substr ($deltaf[$p], 0, 10) . " to the IC of Animal $a$nl" ;} |
|||||||||||
554 | else { |
|||||||||||
555 | if (!$marked[$m] && $chrono[$m] < $paternal_rank) { |
|||||||||||
556 | mater_side($p, $fathers[$m], $a, $ndist + 1); |
|||||||||||
557 | } |
|||||||||||
558 | mater_side($p, $mothers[$m], $a, $ndist + 1); |
|||||||||||
559 | } |
|||||||||||
560 | ||||||||||||
561 | return 0; |
|||||||||||
562 | } |
|||||||||||
563 | ||||||||||||
564 | /** |
|||||||||||
565 | * @param $p |
|||||||||||
566 | * @param $m |
|||||||||||
567 | * @param $a |
|||||||||||
568 | * @param $pdist |
|||||||||||
569 | * |
|||||||||||
570 | * @return int |
|||||||||||
571 | */ |
|||||||||||
572 | function pater_side($p, $m, $a, $pdist) |
|||||||||||
573 | { |
|||||||||||
574 | global $mater, $fathers, $mothers, $marked, $chrono, $paternal_rank; |
|||||||||||
575 | if (!$p) { |
|||||||||||
576 | return 0; |
|||||||||||
577 | } |
|||||||||||
578 | $paternal_rank = $chrono[$p]; |
|||||||||||
579 | $marked[$p] = 1; /* cut paternal side */ |
|||||||||||
580 | if ($mater[$p] or $a) { |
|||||||||||
0 ignored issues
–
show
Comprehensibility
Best Practice
introduced
by
Using logical operators such as
or instead of || is generally not recommended.
PHP has two types of connecting operators (logical operators, and boolean operators):
The difference between these is the order in which they are executed. In most cases,
you would want to use a boolean operator like Let’s take a look at a few examples: // Logical operators have lower precedence:
$f = false or true;
// is executed like this:
($f = false) or true;
// Boolean operators have higher precedence:
$f = false || true;
// is executed like this:
$f = (false || true);
Logical Operators are used for Control-FlowOne case where you explicitly want to use logical operators is for control-flow such as this: $x === 5
or die('$x must be 5.');
// Instead of
if ($x !== 5) {
die('$x must be 5.');
}
Since // The following is currently a parse error.
$x === 5
or throw new RuntimeException('$x must be 5.');
These limitations lead to logical operators rarely being of use in current PHP code.
Loading history...
|
||||||||||||
581 | mater_side($p, $m, $a, $pdist); |
|||||||||||
582 | } |
|||||||||||
583 | pater_side($fathers[$p], $m, $a, $pdist + 1); |
|||||||||||
584 | pater_side($mothers[$p], $m, $a, $pdist + 1); |
|||||||||||
585 | $marked[$p] = 0; /* free paternal side */ |
|||||||||||
586 | ||||||||||||
587 | return 0; |
|||||||||||
588 | } |
|||||||||||
589 | ||||||||||||
590 | /** |
|||||||||||
591 | * @param $a |
|||||||||||
592 | * |
|||||||||||
593 | * @return int |
|||||||||||
594 | */ |
|||||||||||
595 | function CONSANG($a) |
|||||||||||
596 | { |
|||||||||||
597 | global $fathers, $mothers, $ICknown, $COIs, $nl; |
|||||||||||
598 | if (!$a or $ICknown[$a]) { |
|||||||||||
0 ignored issues
–
show
Comprehensibility
Best Practice
introduced
by
Using logical operators such as
or instead of || is generally not recommended.
PHP has two types of connecting operators (logical operators, and boolean operators):
The difference between these is the order in which they are executed. In most cases,
you would want to use a boolean operator like Let’s take a look at a few examples: // Logical operators have lower precedence:
$f = false or true;
// is executed like this:
($f = false) or true;
// Boolean operators have higher precedence:
$f = false || true;
// is executed like this:
$f = (false || true);
Logical Operators are used for Control-FlowOne case where you explicitly want to use logical operators is for control-flow such as this: $x === 5
or die('$x must be 5.');
// Instead of
if ($x !== 5) {
die('$x must be 5.');
}
Since // The following is currently a parse error.
$x === 5
or throw new RuntimeException('$x must be 5.');
These limitations lead to logical operators rarely being of use in current PHP code.
Loading history...
|
||||||||||||
599 | return 0; |
|||||||||||
600 | } |
|||||||||||
601 | if ($a == -1) { |
|||||||||||
602 | $a = 0; |
|||||||||||
603 | } // particular case : a= -1 means Anim #0 (to bypass above test) |
|||||||||||
604 | $IC_if_deadend = 0.0; // 0.0 means taht deadends are deemed to be total outcrosses... |
|||||||||||
605 | // if IC was already stored in the database for Aminal #A, it should be used here instead of 0.0 |
|||||||||||
606 | $p = $fathers[$a]; |
|||||||||||
607 | $m = $mothers[$a]; |
|||||||||||
608 | if (!$p or !$m) { |
|||||||||||
0 ignored issues
–
show
Comprehensibility
Best Practice
introduced
by
Using logical operators such as
or instead of || is generally not recommended.
PHP has two types of connecting operators (logical operators, and boolean operators):
The difference between these is the order in which they are executed. In most cases,
you would want to use a boolean operator like Let’s take a look at a few examples: // Logical operators have lower precedence:
$f = false or true;
// is executed like this:
($f = false) or true;
// Boolean operators have higher precedence:
$f = false || true;
// is executed like this:
$f = (false || true);
Logical Operators are used for Control-FlowOne case where you explicitly want to use logical operators is for control-flow such as this: $x === 5
or die('$x must be 5.');
// Instead of
if ($x !== 5) {
die('$x must be 5.');
}
Since // The following is currently a parse error.
$x === 5
or throw new RuntimeException('$x must be 5.');
These limitations lead to logical operators rarely being of use in current PHP code.
Loading history...
|
||||||||||||
609 | $COIs[$a] = $IC_if_deadend; |
|||||||||||
610 | $ICknown[$a] = 2; |
|||||||||||
611 | ||||||||||||
612 | return 0; |
|||||||||||
613 | } |
|||||||||||
614 | ||||||||||||
615 | if ($verbose) { |
|||||||||||
616 | echo "</center><pre>$nl"; |
|||||||||||
617 | } |
|||||||||||
618 | pater_side($p, $m, $a, 1); // launch tree exploration |
|||||||||||
619 | if ($verbose) { |
|||||||||||
620 | echo "</pre><center>$nl"; |
|||||||||||
621 | } |
|||||||||||
622 | ||||||||||||
623 | $ICknown[$a] = 1; |
|||||||||||
624 | $p = $fathers[$a]; |
|||||||||||
625 | $m = $mothers[$a]; |
|||||||||||
626 | foreach ($fathers as $i => $pere) {/* siblings share the same COI value */ |
|||||||||||
627 | if ($i <> $a && $pere == $p && $mothers[$i] == $m) { |
|||||||||||
628 | $COIs[$i] = $COIs[$a]; |
|||||||||||
629 | $ICknown[$i] = 1; |
|||||||||||
630 | } |
|||||||||||
631 | } |
|||||||||||
632 | // echo "<!-- COI($a) = $COIs[$a] $IDs[$a] ($fathers[$a] x $mothers[$a])-->$nl" ; |
|||||||||||
633 | return 0; |
|||||||||||
634 | } |
|||||||||||
635 | ||||||||||||
636 | /** |
|||||||||||
637 | * @param $nb_gen |
|||||||||||
638 | * @param $nloop |
|||||||||||
639 | * |
|||||||||||
640 | * @return int |
|||||||||||
641 | */ |
|||||||||||
642 | function boucle($nb_gen, $nloop) |
|||||||||||
643 | { |
|||||||||||
644 | global $fathers, $mothers, $nbanims, $listing, $nl, $IDs; |
|||||||||||
645 | $nbtot = 0; |
|||||||||||
646 | $listing = ''; |
|||||||||||
647 | if ($nloop < ($nb_gen + 20)) { |
|||||||||||
648 | $nloop = $nb_gen + 20; |
|||||||||||
649 | } |
|||||||||||
650 | $list = array(0 => 1); /* initialize list with Anim0 (rank = 1) */ |
|||||||||||
651 | for ($j = 1; $j < $nloop; ++$j) { |
|||||||||||
652 | $new = 0; |
|||||||||||
653 | foreach ($list as $i => $rank) { |
|||||||||||
654 | View Code Duplication | if (false !== ($s = $fathers[$i])) { |
||||||||||
655 | if (!$list[$s]) { |
|||||||||||
656 | $new = 1; |
|||||||||||
657 | if ($j < $nb_gen) { |
|||||||||||
658 | ++$nbtot; |
|||||||||||
659 | } |
|||||||||||
660 | } |
|||||||||||
661 | $list[$s] = $rank + 1; |
|||||||||||
662 | if ($j < $nb_gen) { |
|||||||||||
663 | ++$nbtot; |
|||||||||||
664 | } |
|||||||||||
665 | if ($j > $nloop - 10) { |
|||||||||||
666 | $listing .= "Loop $j: Animal #$s " . $IDs[$s] . $nl; |
|||||||||||
667 | } |
|||||||||||
668 | } |
|||||||||||
669 | View Code Duplication | if (false !== ($d = $mothers[$i])) { |
||||||||||
670 | if (!$list[$d]) { |
|||||||||||
671 | $new = 1; |
|||||||||||
672 | if ($j < $nb_gen) { |
|||||||||||
673 | ++$nbtot; |
|||||||||||
674 | } |
|||||||||||
675 | } |
|||||||||||
676 | $list[$d] = $rank + 1; |
|||||||||||
677 | if ($j < $nb_gen) { |
|||||||||||
678 | ++$nbtot; |
|||||||||||
679 | } |
|||||||||||
680 | if ($j > $nloop - 10) { |
|||||||||||
681 | $listing .= "Loop $j: Animal #$d " . $IDs[$d] . $nl; |
|||||||||||
682 | } |
|||||||||||
683 | } |
|||||||||||
684 | } |
|||||||||||
685 | if (!$new) { |
|||||||||||
686 | break; |
|||||||||||
687 | } |
|||||||||||
688 | } |
|||||||||||
689 | if ($new) { |
|||||||||||
690 | $nbtot = 0; |
|||||||||||
691 | } /* Endless loop detected (see listing) */ |
|||||||||||
692 | ||||||||||||
693 | return $nbtot; |
|||||||||||
694 | } |
|||||||||||
695 | ||||||||||||
696 | if (!function_exists('html_accents')) { |
|||||||||||
697 | /** |
|||||||||||
698 | * @param $string |
|||||||||||
699 | * @return mixed |
|||||||||||
700 | */ |
|||||||||||
701 | function html_accents($string) |
|||||||||||
702 | { |
|||||||||||
703 | return $string; |
|||||||||||
704 | } |
|||||||||||
705 | } |
|||||||||||
706 | ||||||||||||
707 | /** |
|||||||||||
708 | * @param $ID |
|||||||||||
709 | * |
|||||||||||
710 | * @return array |
|||||||||||
711 | */ |
|||||||||||
712 | function set_name($ID) |
|||||||||||
713 | { |
|||||||||||
714 | global $sql2, $sql2bis, $xoopsDB; |
|||||||||||
715 | $name = ' '; |
|||||||||||
716 | $ani = array(); |
|||||||||||
717 | if ($ID) { |
|||||||||||
718 | $sqlquery = 'SELECT ID, NAAM, roft from ' . $GLOBALS['xoopsDB']->prefix('pedigree_tree') . " where ID = '$ID'"; |
|||||||||||
719 | $queryresult = $GLOBALS['xoopsDB']->query($sqlquery); |
|||||||||||
720 | $ani = $GLOBALS['xoopsDB']->fetchBoth($queryresult); |
|||||||||||
721 | $name = $ani[1]; |
|||||||||||
722 | if ($sql2bis) { // true for E.R.o'S. only |
|||||||||||
723 | $name = html_accents($name); |
|||||||||||
724 | //$affx = $ani[5] ; // affix-ID |
|||||||||||
725 | if ($affx) { |
|||||||||||
726 | $affix = fetch_record("$sql2bis '$affx'"); |
|||||||||||
727 | $type = $affix[1]; |
|||||||||||
728 | $affixe = html_accents($affix[0]); |
|||||||||||
729 | if ($type[0] === 'P') { |
|||||||||||
730 | $name = '<i>' . $affixe . '</i> ' . $name; |
|||||||||||
731 | } |
|||||||||||
732 | if ($type[0] === 'S') { |
|||||||||||
733 | $name = $name . ' <i>' . $affixe . '</i>'; |
|||||||||||
734 | } |
|||||||||||
735 | } |
|||||||||||
736 | $ani[1] = $name; |
|||||||||||
737 | } |
|||||||||||
738 | } |
|||||||||||
739 | ||||||||||||
740 | return $ani; |
|||||||||||
741 | } |
|||||||||||
742 | ||||||||||||
743 | /** |
|||||||||||
744 | * @param $ems |
|||||||||||
745 | * |
|||||||||||
746 | * @return string |
|||||||||||
747 | */ |
|||||||||||
748 | function Ems_($ems) |
|||||||||||
749 | { |
|||||||||||
750 | if (function_exists('Ems')) { |
|||||||||||
751 | return Ems($ems); |
|||||||||||
752 | } |
|||||||||||
753 | if (!$ems) { |
|||||||||||
754 | return ' '; |
|||||||||||
755 | } |
|||||||||||
756 | $e = str_replace(' ', '+', $ems); |
|||||||||||
757 | $res = '<a href="#" style="text-decoration:none;" onClick="' . "window.open('http://www.somali.asso.fr/eros/decode_ems.php?$e'," . "'', 'resizable=no,width=570,height=370')" . '"' . "><b>$ems</b></a>"; |
|||||||||||
758 | ||||||||||||
759 | return $res; |
|||||||||||
760 | } |
|||||||||||
761 | ||||||||||||
762 | /** |
|||||||||||
763 | * @param $ID |
|||||||||||
764 | * |
|||||||||||
765 | * @return string |
|||||||||||
766 | */ |
|||||||||||
767 | function one_animal($ID) |
|||||||||||
768 | { |
|||||||||||
769 | global $xoopsDB; |
|||||||||||
770 | global $sex, $val, $sosa, $detail, $sql3; |
|||||||||||
771 | $sosa = 12; |
|||||||||||
772 | // echo '<div style="position:relative;float:right;width=2.0em;color=white;">' . $sosa . '</div>' ; |
|||||||||||
773 | $animal = set_name($ID); |
|||||||||||
774 | list($ID, $name, $sex, $hd, $ems) = $animal; |
|||||||||||
775 | $sqlquery = 'select SQL_CACHE count(ID) from ' . $GLOBALS['xoopsDB']->prefix('pedigree_tree') . " where father = '$ID' or mother = '$ID'"; |
|||||||||||
776 | $queryresult = $GLOBALS['xoopsDB']->query($sqlquery); |
|||||||||||
777 | $nb = $GLOBALS['xoopsDB']->fetchBoth($queryresult); |
|||||||||||
778 | $nb_children = $nb[0]; |
|||||||||||
779 | if ($nb_children == 0) { |
|||||||||||
780 | $nb_children = _MA_PEDIGREE_COI_NO; |
|||||||||||
781 | } |
|||||||||||
782 | //$dogid = $animal[0]; |
|||||||||||
783 | $content .= "<tr><td><a href=\"dog.php?id=" . $ID . "\">" . stripslashes($name) . '</a>'; |
|||||||||||
784 | // if ($nb_enf == 0) echo ' ø' ; |
|||||||||||
785 | if ($val) { |
|||||||||||
786 | $content .= $val; |
|||||||||||
787 | } |
|||||||||||
788 | if ($sex == 1) { |
|||||||||||
789 | $geslacht = "<img src=\"assets/images/female.gif\">"; |
|||||||||||
790 | } |
|||||||||||
791 | if ($sex == 0) { |
|||||||||||
792 | $geslacht = "<img src=\"assets/images/male.gif\">"; |
|||||||||||
793 | } |
|||||||||||
794 | $content .= '</td><td>' . $geslacht . '</td><td>' . $nb_children . _MA_PEDIGREE_COI_OFF . '</td></tr>'; |
|||||||||||
795 | ||||||||||||
796 | return $content; |
|||||||||||
797 | } |
|||||||||||
798 | ||||||||||||
799 | /* %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% MAIN %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% */ |
|||||||||||
800 | ||||||||||||
801 | $nl = "\n"; // the newline character |
|||||||||||
802 | ||||||||||||
803 | //edit by jc |
|||||||||||
804 | //$link = @mysqli_pconnect ($host, $database, $password) |
|||||||||||
805 | // or die ("<html><body>Connection to database failed.</body></html>") ; |
|||||||||||
806 | $s = $_GET['s']; |
|||||||||||
807 | $d = $_GET['d']; |
|||||||||||
808 | $detail = $_GET['detail']; |
|||||||||||
809 | ||||||||||||
810 | if (isset($si)) { |
|||||||||||
811 | $s = findId($si); |
|||||||||||
812 | } |
|||||||||||
813 | if (isset($da)) { |
|||||||||||
814 | $d = findId($da); |
|||||||||||
815 | } |
|||||||||||
816 | //test for variables |
|||||||||||
817 | //echo "si=".$si." da=".$da." s=".$s." d=".$d; |
|||||||||||
818 | $utils = $GLOBALS['xoopsDB']->query("select user(), date_format(now(),'%d-%b-%Y')"); |
|||||||||||
819 | list($who, $jourj) = $GLOBALS['xoopsDB']->fetchBoth($utils); |
|||||||||||
820 | ||||||||||||
821 | if (isset($IC)) { |
|||||||||||
822 | $detail = -1; |
|||||||||||
823 | $a = $IC; |
|||||||||||
824 | } |
|||||||||||
825 | ||||||||||||
826 | if (!isset($detail)) { |
|||||||||||
827 | $detail = 0; |
|||||||||||
828 | } |
|||||||||||
829 | ||||||||||||
830 | if (!isset($a)) { |
|||||||||||
831 | if ($s && !isset($d)) { |
|||||||||||
832 | $a = $s; |
|||||||||||
833 | $s = ''; |
|||||||||||
834 | } |
|||||||||||
835 | if ($d && !isset($s)) { |
|||||||||||
836 | $a = $d; |
|||||||||||
837 | $d = ''; |
|||||||||||
838 | } |
|||||||||||
839 | } |
|||||||||||
840 | ||||||||||||
841 | if (isset($a)) { |
|||||||||||
842 | $sqlquery = 'select ID, father, mother, roft from ' . $GLOBALS['xoopsDB']->prefix('pedigree_tree') . " where ID = '$a'"; |
|||||||||||
843 | $queryresult = $GLOBALS['xoopsDB']->query($sqlquery); |
|||||||||||
844 | $rowhond = $GLOBALS['xoopsDB']->fetchBoth($queryresult); |
|||||||||||
845 | $a = $rowhond['Id']; |
|||||||||||
846 | $s = $rowhond['father']; |
|||||||||||
847 | $d = $rowhond['mother']; |
|||||||||||
848 | } |
|||||||||||
849 | $a += 0; |
|||||||||||
850 | $s += 0; |
|||||||||||
851 | $d += 0; // [IDs are numbers] |
|||||||||||
852 | ||||||||||||
853 | $xoopsTpl->assign('ptitle', _MA_PEDIGREE_COI_CKRI); |
|||||||||||
854 | $xoopsTpl->assign('pcontent', strtr(_MA_PEDIGREE_COI_CKRI_CT, array('[animalType]' => $moduleConfig['animalType']))); |
|||||||||||
855 | ||||||||||||
856 | if (!$s && !$d) { |
|||||||||||
857 | $error = _MA_PEDIGREE_COI_SPANF1 . $a . _MA_PEDIGREE_COI_SPANF2; |
|||||||||||
858 | $xoopsTpl->assign('COIerror', $error); |
|||||||||||
859 | } |
|||||||||||
860 | ||||||||||||
861 | $maxn_ = 1000; |
|||||||||||
862 | $maxr_ = 9; |
|||||||||||
863 | ||||||||||||
864 | $maxn = $maxn_; |
|||||||||||
865 | $maxr = $maxr_; |
|||||||||||
866 | $cinnamon = 0; |
|||||||||||
867 | $chocolat = 0; |
|||||||||||
868 | $dilution = 0; |
|||||||||||
869 | $sexlred = 0; |
|||||||||||
870 | ||||||||||||
871 | $nivomin = -$maxr; /* Maximal depth of recursion (-10) */ |
|||||||||||
872 | $codec = 0; |
|||||||||||
873 | $gens = 4; /* 4 gens. for both pedigrees of couple */ |
|||||||||||
874 | $litter = 0; |
|||||||||||
875 | ||||||||||||
876 | // echo "s:".$s."<br />"; |
|||||||||||
877 | // echo "d:".$d."<br />"; |
|||||||||||
878 | ||||||||||||
879 | $codec1 = $d; |
|||||||||||
880 | $codec2 = $s; |
|||||||||||
881 | $val = ''; |
|||||||||||
882 | ||||||||||||
883 | if (!$s && $d) { |
|||||||||||
884 | $codec1 = $d; |
|||||||||||
885 | $codec2 = 0; |
|||||||||||
886 | } |
|||||||||||
887 | if ($codec1 == $codec2) { |
|||||||||||
888 | $codec2 = 0; |
|||||||||||
889 | } |
|||||||||||
890 | ||||||||||||
891 | $sqlquery = 'select father, mother, roft from ' . $GLOBALS['xoopsDB']->prefix('pedigree_tree') . " where ID = '$codec1'"; |
|||||||||||
892 | $queryresult = $GLOBALS['xoopsDB']->query($sqlquery); |
|||||||||||
893 | $rowhond = $GLOBALS['xoopsDB']->fetchBoth($queryresult); |
|||||||||||
894 | $a1 = $rowhond['Id']; |
|||||||||||
895 | $s1 = $rowhond['father']; |
|||||||||||
896 | $d1 = $rowhond['mother']; |
|||||||||||
897 | $sex1 = $rowhond['roft']; |
|||||||||||
898 | ||||||||||||
899 | // echo "sqlquery:".$sqlquery."<br />"; |
|||||||||||
900 | ||||||||||||
901 | $sqlquery = 'select father, mother, roft from ' . $GLOBALS['xoopsDB']->prefix('pedigree_tree') . " where ID = '$codec2'"; |
|||||||||||
902 | $queryresult = $GLOBALS['xoopsDB']->query($sqlquery); |
|||||||||||
903 | $rowhond = $GLOBALS['xoopsDB']->fetchBoth($queryresult); |
|||||||||||
904 | $a2 = $rowhond['Id']; |
|||||||||||
905 | $s2 = $rowhond['father']; |
|||||||||||
906 | $d2 = $rowhond['mother']; |
|||||||||||
907 | $sex2 = $rowhond['roft']; |
|||||||||||
908 | ||||||||||||
909 | // echo "sqlquery:".$sqlquery."<br />"; |
|||||||||||
910 | ||||||||||||
911 | //if ($sex1 == '0' && $sex2 == '1') { $a3 = $a1 ; $a1 = $a2 ; $a2 = $a3 ; } /* permute dam and sire */ |
|||||||||||
912 | $codec1 = $a1; |
|||||||||||
913 | $codec2 = $a2; |
|||||||||||
914 | if (!isset($s1) || !isset($d1) || !isset($s2) || !isset($d2)) { |
|||||||||||
915 | $xoopsTpl->assign('COIerror', _MA_PEDIGREE_COI_SGPU); |
|||||||||||
916 | } |
|||||||||||
917 | ||||||||||||
918 | $title = strtr(_MA_PEDIGREE_FLD_FATH, array('[father]' => $moduleConfig['father'])) . ' (' . stripslashes(showParent($codec2)) . ')' . _MA_PEDIGREE_COI_AND . strtr(_MA_PEDIGREE_FLD_MOTH, array('[mother]' => $moduleConfig['mother'])) . ' (' . stripslashes(showParent($codec1)) . ')'; |
|||||||||||
919 | $content = stripslashes(one_animal($codec2)); |
|||||||||||
920 | $content .= stripslashes(one_animal($codec1)); |
|||||||||||
921 | $val = ''; |
|||||||||||
922 | $xoopsTpl->assign('SADtitle', $title); |
|||||||||||
923 | $xoopsTpl->assign('SADcontent', $content); |
|||||||||||
924 | $xoopsTpl->assign('SADexplain', strtr(_MA_PEDIGREE_COI_SDEX, array('[animalType]' => $moduleConfig['animalType'], '[animalTypes]' => $moduleConfig['animalTypes'], '[children]' => $moduleConfig['children']))); |
|||||||||||
925 | ||||||||||||
926 | $de_cujus = 0; |
|||||||||||
927 | $sire_ID = $_GET['s']; |
|||||||||||
928 | $dam_ID = $_GET['d']; |
|||||||||||
929 | $rec = 'select ID from ' . $GLOBALS['xoopsDB']->prefix('pedigree_tree') . " WHERE father = '" . $sire_ID . "' and mother = '" . $dam_ID . "' order by NAAM"; |
|||||||||||
930 | $result = $GLOBALS['xoopsDB']->query($rec); |
|||||||||||
931 | $content = ''; |
|||||||||||
932 | while (false !== ($row = $GLOBALS['xoopsDB']->fetchArray($result))) { |
|||||||||||
933 | $content .= one_animal($row['Id']); |
|||||||||||
934 | } |
|||||||||||
935 | ||||||||||||
936 | $xoopsTpl->assign('COMtitle', strtr(_MA_PEDIGREE_COI_COMTIT, array('[father]' => $moduleConfig['father'], '[mother]' => $moduleConfig['mother']))); |
|||||||||||
937 | $xoopsTpl->assign('COMexplain', strtr(_MA_PEDIGREE_COI_COMEX, array('[animalType]' => $moduleConfig['animalType'], '[children]' => $moduleConfig['children']))); |
|||||||||||
938 | $xoopsTpl->assign('COMcontent', $content); |
|||||||||||
939 | ||||||||||||
940 | if (!isset($nb_gen)) { |
|||||||||||
941 | $nb_gen = 7; |
|||||||||||
942 | if ($detail) { |
|||||||||||
943 | $nb_gen = 9; |
|||||||||||
944 | } |
|||||||||||
945 | } elseif ($nb_gen < $pedigree) { |
|||||||||||
946 | $nb_gen = $pedigree; |
|||||||||||
947 | } |
|||||||||||
948 | ||||||||||||
949 | $IDs = array($de_cujus + 0, $codec1 + 0, $codec2 + 0); /* Structuring animal IDs into memory */ |
|||||||||||
950 | ||||||||||||
951 | $nbanims = GENEALOGY(); // ************************************************************* // |
|||||||||||
952 | ||||||||||||
953 | for ($i = 0; $i <= $nbanims; ++$i) { |
|||||||||||
954 | $empty[$i] = 0; |
|||||||||||
955 | } |
|||||||||||
956 | ||||||||||||
957 | foreach ($fathers as $i => $a) { |
|||||||||||
958 | if ($a) { |
|||||||||||
959 | $fathers[$i] = $inds[$a]; |
|||||||||||
960 | } |
|||||||||||
961 | } /* Replace parents codes */ |
|||||||||||
962 | foreach ($mothers as $i => $a) { |
|||||||||||
963 | if ($a) { |
|||||||||||
964 | $mothers[$i] = $inds[$a]; |
|||||||||||
965 | } |
|||||||||||
966 | } /* by their indices */ |
|||||||||||
967 | ||||||||||||
968 | dist_m($mothers[0]); // set "$mater" array (list of all maternal ascendants), for Anim #0 |
|||||||||||
969 | ||||||||||||
970 | /* Calculating CONSANGUINITY by dual (paternal & maternal) path method */ |
|||||||||||
971 | $f = $empty; |
|||||||||||
972 | $ICknown = $empty; |
|||||||||||
973 | $deltaf = $empty; |
|||||||||||
974 | $marked = $empty; |
|||||||||||
975 | ||||||||||||
976 | /****************** LAUNCHING ALL RECURSIONS ********************/ |
|||||||||||
977 | /* */ |
|||||||||||
978 | CONSANG(-1); /* [-1 is standing for de_cujus] |
|||||||||||
979 | /* */ |
|||||||||||
980 | /******************************************************************/ |
|||||||||||
981 | ||||||||||||
982 | $nf = ceil(100 * $COIs[0]); |
|||||||||||
983 | if ($nf >= 55) { |
|||||||||||
984 | $w = _MA_PEDIGREE_COI_HUGE; |
|||||||||||
985 | } else { |
|||||||||||
986 | if ($nf >= 35) { |
|||||||||||
987 | $w = _MA_PEDIGREE_COI_VHIG; |
|||||||||||
988 | } else { |
|||||||||||
989 | if ($nf >= 20) { |
|||||||||||
990 | $w = _MA_PEDIGREE_COI_HIGH; |
|||||||||||
991 | } else { |
|||||||||||
992 | if ($nf >= 10) { |
|||||||||||
993 | $w = _MA_PEDIGREE_COI_MEDI; |
|||||||||||
994 | } else { |
|||||||||||
995 | if ($nf >= 05) { |
|||||||||||
996 | $w = _MA_PEDIGREE_COI_LOW; |
|||||||||||
997 | } else { |
|||||||||||
998 | if ($nf >= 02) { |
|||||||||||
999 | $w = _MA_PEDIGREE_COI_VLOW; |
|||||||||||
1000 | } else { |
|||||||||||
1001 | if ($nf >= 01) { |
|||||||||||
1002 | $w = _MA_PEDIGREE_COI_VVLO; |
|||||||||||
1003 | } else { |
|||||||||||
1004 | $w = _MA_PEDIGREE_COI_TLTB; |
|||||||||||
1005 | } |
|||||||||||
1006 | } |
|||||||||||
1007 | } |
|||||||||||
1008 | } |
|||||||||||
1009 | } |
|||||||||||
1010 | } |
|||||||||||
1011 | } |
|||||||||||
1012 | $w = _MA_PEDIGREE_COI_TVI . ' ' . $w; |
|||||||||||
1013 | ||||||||||||
1014 | $nb_all = 0; |
|||||||||||
1015 | count_all(0, 0); // count all ascendants in flat tree |
|||||||||||
1016 | ||||||||||||
1017 | $nbmax = (2 << $nb_gen) - 2; |
|||||||||||
1018 | $asctc = _MA_PEDIGREE_COI_ASTC . $nb_gen . _MA_PEDIGREE_COI_ASTCGEN . $nbmax . ')'; |
|||||||||||
1019 | $ascuni = _MA_PEDIGREE_COI_ASDKA . $nb_gen . _MA_PEDIGREE_COI_ASGEN; |
|||||||||||
1020 | $xoopsTpl->assign('ASCtitle', _MA_PEDIGREE_COI_ACTIT); |
|||||||||||
1021 | $xoopsTpl->assign('ASCtc', $asctc); |
|||||||||||
1022 | $xoopsTpl->assign('ASCuni', $ascuni); |
|||||||||||
1023 | $xoopsTpl->assign('ASCall', $nb_all); |
|||||||||||
1024 | $xoopsTpl->assign('ASCani', $nbani); |
|||||||||||
1025 | $xoopsTpl->assign('ASCexplain', _MA_PEDIGREE_COI_ACEX); |
|||||||||||
1026 | ||||||||||||
1027 | $f0 = substr($COIs[0], 0, 8); |
|||||||||||
1028 | if (!$f0) { |
|||||||||||
1029 | $f0 = 'n.a.'; |
|||||||||||
1030 | } |
|||||||||||
1031 | $f1 = 100 * $f0; |
|||||||||||
1032 | ||||||||||||
1033 | $xoopsTpl->assign('COItitle', strtr(_MA_PEDIGREE_COI_COITIT, array('[father]' => $moduleConfig['father'], '[mother]' => $moduleConfig['mother']))); |
|||||||||||
1034 | $xoopsTpl->assign('COIperc', $w); |
|||||||||||
1035 | $xoopsTpl->assign('COIval', $f1); |
|||||||||||
1036 | $xoopsTpl->assign('COIexplain', strtr(_MA_PEDIGREE_COI_COIEX, array('[animalType]' => $moduleConfig['animalType'], '[animalTypes]' => $moduleConfig['animalTypes'], '[children]' => $moduleConfig['children']))); |
|||||||||||
1037 | $xoopsTpl->assign('COIcoi', _MA_PEDIGREE_COI_COI); |
|||||||||||
1038 | $dogid = XoopsRequest::getInt('dogid', 0, 'get'); |
|||||||||||
1039 | $query = 'UPDATE ' . $GLOBALS['xoopsDB']->prefix('pedigree_tree') . ' SET coi=' . $f1 . ' WHERE ID = ' . $dogid; |
|||||||||||
1040 | $GLOBALS['xoopsDB']->queryF($query); |
|||||||||||
1041 | arsort($deltaf); |
|||||||||||
1042 | $j = 1; |
|||||||||||
1043 | foreach ($deltaf as $i => $v) { |
|||||||||||
1044 | if ($j > 12) { |
|||||||||||
1045 | break; |
|||||||||||
1046 | } |
|||||||||||
1047 | ++$j; |
|||||||||||
1048 | $code = $IDs[$i]; |
|||||||||||
1049 | $v = substr($v, 0, 7); |
|||||||||||
1050 | $animal = set_name($IDs[$i]); |
|||||||||||
1051 | $name = $animal[1]; |
|||||||||||
1052 | if (!$name) { |
|||||||||||
1053 | $name = $i . ' [' . $IDs[$i] . ']'; |
|||||||||||
1054 | } |
|||||||||||
1055 | if ($v > 0.0001 && $v < 1.0) { |
|||||||||||
1056 | $dogs[] = array('id' => $code, 'name' => stripslashes($name), 'coi' => 100 * $v); |
|||||||||||
1057 | } |
|||||||||||
1058 | } |
|||||||||||
1059 | ||||||||||||
1060 | $xoopsTpl->assign('TCAtitle', _MA_PEDIGREE_COI_TCATIT); |
|||||||||||
1061 | $xoopsTpl->assign('TCApib', _MA_PEDIGREE_COI_TCApib); |
|||||||||||
1062 | $xoopsTpl->assign('dogs', $dogs); |
|||||||||||
1063 | $xoopsTpl->assign('TCAexplain', strtr(_MA_PEDIGREE_COI_TCAEX, array( |
|||||||||||
1064 | '[animalType]' => $moduleConfig['animalType'], |
|||||||||||
1065 | '[animalTypes]' => $moduleConfig['animalTypes'], |
|||||||||||
1066 | '[children]' => $moduleConfig['children'], |
|||||||||||
1067 | '[mother]' => $moduleConfig['mother'], |
|||||||||||
1068 | '[father]' => $moduleConfig['father'] |
|||||||||||
1069 | ))); |
|||||||||||
1070 | ||||||||||||
1071 | if ($detail) { |
|||||||||||
1072 | if ($verbose) { |
|||||||||||
1073 | $verbose = 0; |
|||||||||||
1074 | } |
|||||||||||
1075 | if (count($COIs) > 1) { |
|||||||||||
1076 | $ICs = $COIs; |
|||||||||||
1077 | arsort($ICs); |
|||||||||||
1078 | $j = 1; |
|||||||||||
1079 | foreach ($ICs as $i => $ic) { |
|||||||||||
1080 | if ($j > 12) { |
|||||||||||
1081 | break; |
|||||||||||
1082 | } |
|||||||||||
1083 | ++$j; |
|||||||||||
1084 | $ID = $IDs[$i]; |
|||||||||||
1085 | $ani = set_name($ID); |
|||||||||||
1086 | $name = $ani[1]; |
|||||||||||
1087 | $ic = substr($ic, 0, 6); |
|||||||||||
1088 | if ($ic > 0.125 && $i) { |
|||||||||||
1089 | $mia[] = array('id' => $ID, 'name' => stripslashes($name), 'coi' => 100 * $ic); |
|||||||||||
1090 | } |
|||||||||||
1091 | } |
|||||||||||
1092 | } |
|||||||||||
1093 | $xoopsTpl->assign('MIAtitle', _MA_PEDIGREE_COI_MIATIT); |
|||||||||||
1094 | $xoopsTpl->assign('mia', $mia); |
|||||||||||
1095 | $xoopsTpl->assign('MIAexplain', strtr(_MA_PEDIGREE_COI_MIAEX, array('[animalType]' => $moduleConfig['animalType']))); |
|||||||||||
1096 | ||||||||||||
1097 | if (!$ICknown[1]) { |
|||||||||||
1098 | $marked = $empty; |
|||||||||||
1099 | CONSANG(1); |
|||||||||||
1100 | } // Sire |
|||||||||||
1101 | if (!$ICknown[2]) { |
|||||||||||
1102 | $marked = $empty; |
|||||||||||
1103 | CONSANG(2); |
|||||||||||
1104 | } // Dam |
|||||||||||
1105 | $COR = 2.0 * $COIs[0] / sqrt((1. + $COIs[1]) * (1. + $COIs[2])); |
|||||||||||
1106 | $COR = substr($COR, 0, 8); |
|||||||||||
1107 | if (!$COR) { |
|||||||||||
1108 | $COR = 'n.a.'; |
|||||||||||
1109 | } |
|||||||||||
1110 | $f1 = substr($COIs[1], 0, 8); |
|||||||||||
1111 | $f2 = substr($COIs[2], 0, 8); |
|||||||||||
1112 | if (!$f1) { |
|||||||||||
1113 | $f1 = 'n.a.'; |
|||||||||||
1114 | } |
|||||||||||
1115 | if (!$f2) { |
|||||||||||
1116 | $f2 = 'n.a.'; |
|||||||||||
1117 | } |
|||||||||||
1118 | $SSDcor = (100 * $COR); |
|||||||||||
1119 | $SSDsire = (100 * $f2); |
|||||||||||
1120 | $SSDdam = (100 * $f1); |
|||||||||||
1121 | } |
|||||||||||
1122 | ||||||||||||
1123 | $xoopsTpl->assign('SSDtitle', strtr(_MA_PEDIGREE_COI_SSDTIT, array('[father]' => $moduleConfig['father'], '[mother]' => $moduleConfig['mother']))); |
|||||||||||
1124 | $xoopsTpl->assign('SSDcortit', _MA_PEDIGREE_COI_SSDcor); |
|||||||||||
1125 | $xoopsTpl->assign('SSDbsd', strtr(_MA_PEDIGREE_COI_SDDbsd, array('[father]' => $moduleConfig['father'], '[mother]' => $moduleConfig['mother']))); |
|||||||||||
1126 | $xoopsTpl->assign('SSDcor', $SSDcor); |
|||||||||||
1127 | ||||||||||||
1128 | $xoopsTpl->assign('SSDS', _MA_PEDIGREE_COI_COI . _MA_PEDIGREE_FROM . strtr(_MA_PEDIGREE_FLD_FATH, array('[father]' => $moduleConfig['father']))); |
|||||||||||
1129 | $xoopsTpl->assign('SSDsire', $SSDsire); |
|||||||||||
1130 | $xoopsTpl->assign('SSDM', _MA_PEDIGREE_COI_COI . _MA_PEDIGREE_FROM . strtr(_MA_PEDIGREE_FLD_MOTH, array('[mother]' => $moduleConfig['mother']))); |
|||||||||||
1131 | $xoopsTpl->assign('SSDdam', $SSDdam); |
|||||||||||
1132 | ||||||||||||
1133 | // echo "SSDsire : ".$SSDsire."<br />"; |
|||||||||||
1134 | // echo "SSDdam : ".$SSDdam."<br />"; |
|||||||||||
1135 | // print_r($COIs); |
|||||||||||
1136 | ||||||||||||
1137 | $xoopsTpl->assign('SSDexplain', strtr(_MA_PEDIGREE_COI_SSDEX, array('[father]' => $moduleConfig['father'], '[mother]' => $moduleConfig['mother'], '[animalType]' => $moduleConfig['animalTypes']))); |
|||||||||||
1138 | $xoopsTpl->assign('TNXtitle', _MA_PEDIGREE_COI_TNXTIT); |
|||||||||||
1139 | $xoopsTpl->assign('TNXcontent', _MA_PEDIGREE_COI_TNXCON); |
|||||||||||
1140 | $xoopsTpl->assign('Name', _MA_PEDIGREE_FLD_NAME); |
|||||||||||
1141 | $xoopsTpl->assign('Gender', _MA_PEDIGREE_FLD_GEND); |
|||||||||||
1142 | $xoopsTpl->assign('Children', strtr(_MA_PEDIGREE_FLD_PUPS, array('[children]' => $moduleConfig['children']))); |
|||||||||||
1143 | ||||||||||||
1144 | //add data to smarty template |
|||||||||||
1145 | $xoopsTpl->assign('explain', _MA_PEDIGREE_EXPLAIN); |
|||||||||||
1146 | ||||||||||||
1147 | //comments and footer |
|||||||||||
1148 | include XOOPS_ROOT_PATH . '/footer.php'; |
|||||||||||
1149 |
PHP has two types of connecting operators (logical operators, and boolean operators):
and
&&
or
||
The difference between these is the order in which they are executed. In most cases, you would want to use a boolean operator like
&&
, or||
.Let’s take a look at a few examples:
Logical Operators are used for Control-Flow
One case where you explicitly want to use logical operators is for control-flow such as this:
Since
die
introduces problems of its own, f.e. it makes our code hardly testable, and prevents any kind of more sophisticated error handling; you probably do not want to use this in real-world code. Unfortunately, logical operators cannot be combined withthrow
at this point:These limitations lead to logical operators rarely being of use in current PHP code.